A história do Colégio São José começou quando Madre Maria Teodora Voiron, superiora provincial da época, percebeu que em Santos havia uma carência de escolas para meninas, então procurou em São Paulo, a Irmã Maria Simpliciana, que era uma francesa de 15 anos, e estava se saindo muito bem numa obra da Santa Casa de Misericórdia, em São Paulo. Era uma Irmã muito dinâmica e muito ativa. Veio para o Brasil com a saúde fragilizada, e acreditava que aqui iria se curar.
Em 1º de fevereiro de 1924, deu-se início às aulas no São José de Santos, trabalho organizado por Irmã Maria Simpliciana e mais 4 Irmãs: Irmã Maria Leontina Amstalden, Maria Leticia de Jesus Franzen, Maria Edith Renaudin e Guilhermina. Foram acolhidas numa família de alta classe de Santos, a família Vaz Guimarães e começaram uma escola pequena, na Rua Dr. Chrome, 53.
Sempre crescendo, nosso Colégio exigiu mais espaço. Por isso, um novo prédio foi construído para comportar o número maior de alunos e oferecer mais conforto. Em abril de 1925, o Colégio São José passou a funcionar na Avenida Ana Costa, nº 373, com 90 alunas.
Em 1926 foi criado o curso Complementar, com classes especiais até 7ª, 8ª, 9ª séries.
Em fevereiro de 1929 foi criada a Escola Normal Livre tendo formado a primeira turma, com 22 professoras, em dezembro de 1932.
Em 1935 foi instalado o curso de Comércio, que esteve em atividade até 1955.
Em 1943 começou a funcionar o 2º ciclo, Colegial Clássico e Científico.
Em 1953, então sob a Direção de Madre Albertina, foi inaugurada a Capela do Colégio São José, uma das maiores da Diocese de Santos.A 19 de março de 1957, deu-se a fundação da Associação das Ex-Alunas do Colégio São José, hoje Associação Promocional São José.
As irmãs de São José não se atêm ao exercício do Ensino às jovens que seguem os diversos cursos de seu estabelecimento. Prestam também serviço à Comunidade, socorrendo e amparando famílias reconhecidamente sem recursos, mantendo obras assistenciais e colaborando, juntamente com seus professores e alunas, em diversas creches e asilos da região. Mantiveram aqui no Colégio, à noite, um Curso Supletivo de Ensino Médio, misto, para pessoas carentes.
Em seus anos de existência, o Colégio São José de Santos tem mantido sempre vivos os seus mais caros ideais, ou seja, a formação integral, física, social, humana e cristã dos alunos, com o fim de levá-los, enquanto agentes de sua própria educação, a libertação na renovação da família, da sociedade e da Igreja (art. 4º do Regimento Interno).